In een samenwerkingsovereenkomst (R&D-overeenkomst) is het slim vast te leggen wie welke kennis inbrengt, waarvoor die gebruikt mag worden en hoe men omgaat met de kennis die samen doorontwikkeld wordt. Ook kunt u afspraken opnemen over het eventueel aanvragen van een octrooi, de naam of namen waaronder de uitvinding wordt vastgelegd, de kostenverdeling voor de octrooiaanvraag, het portfoliobeheer, mogelijke licentieverlening, handhaving en overdracht.
Spreekt u niets af bij gezamenlijk innoveren, dan bepaalt de Rijksoctrooiwet dat de samenwerkende partijen gezamenlijk en voor gelijke delen (50/50) aanspraak op octrooi hebben. Daarbij mogen gezamenlijke eigenaren niet zelfstandig licenties aan andere partijen verstrekken. Uw eigen aandeel in het octrooi mag u wèl zonder toestemming overdragen. Verder is er niet zo veel bij wet geregeld en dat kan voor lastige situaties zorgen. Zo zullen beide eigenaren het samen steeds eens moeten worden over elke beslissing tijdens en na de totstandkoming van het octrooi. Denk aan de landenkeuze, of aan de belangen bij inbreuk op het octrooi. Bekijk dus van tevoren goed wat de verschillende belangen zijn en leg een passende regeling vast.