Eline van Kappel studierte Biomedizinische Wissenschaften an der Universität Utrecht und spezialisierte sich während ihres Masters auf die molekularen Mechanismen von Stammzellen und Tumoren. Im Rahmen ihres Masters war sie bei Forschungsprojekten des Hubrecht Instituts und der Universität von California, San Francisco tätig. Nach ihrem Abschluss promovierte Eline van Kappel beim Universitär Medischen Zentrum Utrecht im Bereich der molekularen Ursachen der Krebsentstehung.