Stéphanie Bruekers studeerde Moleculaire levenswetenschappen (MSc) aan de Radboud Universiteit in Nijmegen. Voor haar afstudeerproject heeft ze bij de Universiteit van Cambridge (VK) onderzoek gedaan naar de differentiatie van individuele huidcellen. Vervolgens promoveerde zij aan de Radboud Universiteit (afdeling fysisch organische chemie) op haar onderzoek naar de invloed van substraateigenschappen op het gedrag van stamcellen.