André Makkinje heeft een bachelor en master technische natuurkunde afgerond aan de Technische Universiteit Delft met een specialisatie in nucleaire wetenschap en technologie, en in technologiemanagement. Voor zijn master thesis heeft hij zich verdiept in de gevolgen van de onzekerheden in volume-segmentatie voor de bestralingsbehandeling van hoofd- en halskankerpatienten.